EU-rahoitusta jaetaan eri rahastojen ja ohjelmien kautta.

Euroopan unionin rakennerahastojen tuki ohjataan Euroopan sosiaalirahaston (ESR) ja Euroopan aluekehitysrahaston (EAKR) ohjelmien kautta. Rakennerahastot.fi on verkkopalvelu Euroopan aluekehitysrahaston (EAKR) ja Euroopan sosiaalirahaston (ESR) rahoituksen hakijoille, viranomaisille ja kaikille EU-rahoituksesta kiinnostuneille. Suomen hallitus on linjannut Uudistuva ja osaava Suomi 2021–2027 – EU:n alue- ja rakenne-politiikan ohjelman rahoituksesta. Hallituksen linjaukset löytyvät Rakennerahastot.fi-sivulta.

Aiempina vuosina Sosiaali- ja terveysministeriö (STM) ja Opetus- ja kulttuuriministeriö (OKM) ovat rahoittaneet EU:n rakennerahastoihin liittyvää valtakunnallista hanketoimintaa ja ELY-keskukset pääasiassa alueellisia hankkeita sekä toimivat välittävinä toimieliminä osassa valtakunnallisia hankkeita.

Uusi ohjelmakausi (2021-2027) on alkamassa myös Euroopan unionin sisäasioiden rahastoilla, johon kuuluu esim. Turvapaikka-, maahanmuutto- ja kotouttamisrahasto (AMF). Lisäksi on käynnistymässä uusi EU4Health-ohjelma (2021-2027), jonka avulla EU pyrkii vastaamaan paremmin tuleviin epidemioihin sekä pitkän aikavälin terveyshaasteisiin.